Bioinformatika

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.

Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan soffware. Baik pihak pabrikan sofware dan harware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat lunak. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun).

Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.

Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Kemudia Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini belum terlalu lengkap. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982.

Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Bioinformatika pertamakali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak tahun 1960an.

Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory).

Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang dapat diungkapkan pada 1980an dan 1990an. Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, yang meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

Pangkalan Data sekuens biologi dapat berupa pangkalan data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat dan protein, pangkalan data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan pangkalan data struktur untuk menyimpan data struktur protein dan asam nukleat.

Pangkalan data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (the European Molecular Biology Laboratory, Eropa), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga pangkalan data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing pangkalan data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi (pengumpulan) langsung dari peneliti individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam pangkalan data sekuens asam nukleat pada umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan segala sesuatu yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

Selain asam nukleat, beberapa contoh pangkalan data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga pangkalan data tersebut telah digabungkan dalam UniProt, yang didanai terutama oleh Amerika Serikat. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang pada umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.

Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Penelusuran BLAST (BLAST search) pada pangkalan data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens baik asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) ialah pangkalan data tunggal yang menyimpan model struktur tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein atau pun asam nukleat

E-business dan Contohnya

1. Pengertian e-Business atau definisi e-business adalah kegiatan bisnis yang dilakukan secara otomatis dan semiotomatis dilakukan dengan menggunakan teknologi elektronik. E-business memungkinkan suatu perusahaan untuk berhubungan dengan sistem pemrosesan data internal dan eksternal secara lebih efisien dan fleksibel. E-business juga banyak dipakai untuk berhubungan dengan suplier dan mitra bisnis perusahaan, serta memenuhi permintaan dan melayani kepuasan pelanggan secara lebih baik.
   Penggunaan sehari-hari, e-business tidak hanya menyangkut perdagangan elektronik atau e-commerce saja. Dalam hal ini, e-commerce lebih merupakan sub bagian dari e-business, sementara e-business meliputi segala macam fungsi dan kegiatan bisnis menggunakan data elektronik, termasuk pemasaran Internet. Sebagai bagian dari e-business, e-commerce lebih berfokus pada kegiatan transaksi bisnis lewat www atau Internet. Dengan menggunakan sistem manajemen pengetahuan, e-commerce mempunyai goal untuk menambah revenu dari perusahaan. Contohnya:
2.  
3. Indonesia Air Asia (www.airasia.com)

Melalui airasia.com, maka customer hanya perlu mengakses situs tersebut untuk melakukan reservasi tiket pesawat, bahkan lebih jauh lagi mereka dapat melakukan reservasi hotel dan berbagai paket menarik yang ditawarkan oleh Air Asia. Menurut saya, e-business terbaik di Indonesia saat ini adalah e-business yang dimiliki oleh perusahhan penerbangan Indonesia Air Asia, yaituwww.airasia.com. Alasan saya memilih Air Asia adalah karena keunggulan sistem e-business yang dimilikinya, yaitu:

1) Dengan sistem e-business, Air Asia dapat melakukan efisiensi biaya seperti komisi untuk travel agent.

2) Dengan e-business, Air Asia tidak perlu membuat sistem Human Resource sebanyak pada perusahaan penerbangan lainnya.

3) E-business yang diterapkan Air Asia termasuk dalam Business to Consumer dimana aplikasi ini  ditujukan agar konsumer dapat langsung berhubungan dengan pihak perusahaan tanpa harus melalui perantara seperti sistem reservasi konvensional.

4) Penerapan e-business pada Air Asia memberikan keuntungan baik untuk pihak perusahaan maupun bagi pihak customer.

5) Sistem yang digunakan sebagai Point of Sales disebut dengan Global Distribution System (GDS) dimana GDS ini memiliki interface yang berupa Graphical User Intrface (GUI) yang berhadapan langsung dengan pelanggan. Saat pelanggan berinteraksi dengan sistem melalui GUI, maka sistem tersebut secara real-time akan melakukan proses-proses back office diantaranya melakukan validasi, otorisasi, dan konfirmasi yang akhirnya akan memberikan pelanggan suatu bukti penjualan tiket dan bukti tersebutlah yang digunakan sebagai tiket pesawat.

E-commerce dan Contohnya

Electronic Commerce (Perniagaan Elektronik), sebagai bagian dari Electronic Business (bisnis yang dilakukan dengan menggunakan electronic transmission), oleh para ahli dan pelaku bisnis dicoba dirumuskan definisinya. Secara umum e-commerce dapat didefinisikan sebagai segala bentuk transaksi perdagangan/perniagaan barang atau jasa (trade of goods and service) dengan menggunakan media elektronik. Jelas, selain dari yang telah disebutkan di atas, bahwa kegiatan perniagaan tersebut merupakan bagian dari kegiatan bisnis. Kesimpulannya, “e-commerce is a part of e-business”.
Media elektronik yang dibicarakan di dalam tulisan ini untuk sementara hanya difokuskan dalam hal penggunaan media internet. Pasalnya, penggunaan internetlah yang saat ini paling populer digunakan oleh banyak orang, selain merupakan hal yang bisa dikategorikan sebagai hal yang sedang ‘booming’. Perlu digarisbawahi, dengan adanya perkembangan teknologi di masa mendatang, terbuka kemungkinan adanya penggunaan media jaringan lain selain internet dalam e-commerce. Jadi pemikiran kita jangan hanya terpaku pada penggunaan media internet belaka.

Tokobagus 
Kadang disebut Toko Bagus adalah sebuah situs iklan baris yang berfokus kepada aktifitas jual beli di Indonesia. Semua iklan yang ada di situs ini dibuat oleh penggunanya sendiri, baik yang menjual maupun mencari barang. Situs ini dikelola oleh perusahaan bernama PT Tokobagus.

Sejarah

Tokobagus didirikan pada tanggal 9 Juni 2005 oleh dua orang pemuda asal Belanda, Arnold Sebastian Egg dan Remco Lupker. Arnold yang kala itu sedang berlibur di pulau Bali mendapatkan ide setelah melihat perkembangan pesat situs e-commerce di Amerika, amazon.com. Menilai dari geografis Indonesia yang terdiri dari berbagai kepulauan dengan jumlah penduduk yang sangat besar, maka tercetuslah ide untuk membuat situs Tokobagus.

Pada tahun 2010, PT Tokobagus akhirnya hijrah ke Jakarta setelah membangun usaha selama 5 tahun di Denpasar, Bali.

Asal Nama

Nama Tokobagus berasal dari kata "Toko" dan "Bagus", kata Toko dipakai dengan tujuan agar setiap pengguna bisa membuka toko (online) nya sendiri. Sedangkan kata "Bagus" didapat Arnold lantaran ia sering melihat kata bagus digunakan untuk nama toko di Indonesia.

Versi Mobile

Perkembangan mobile internet di Indonesia mempengaruhi lahirnya situs m.tokobagus.com pada tahun 2010. Berlanjut di tahun 2011, bermunculan pula aplikasi mobile untuk ponsel pintar Android dan BlackBerry.

 Fitur

Pada Oktober 2011, Tokobagus mengembangkan situsnya dengan perubahan minor pada desain dengan penambahan-penambahan fitur baru, diantaranya adalah: 

Extrafield

Penambahan extrafield didetail iklan kategori property dan otomotif. Kedepannya akan ditambahkan juga ke kategori-kategori lain, seperti fashion, gadget dll.

Iklan Member
Penambahan widget Iklan Lain dari member di detail iklan

Sortir Iklan
Re-design fitur Sorting pada list iklan berdasarkan waktu pemasangan, judul dan harga.

Search Faceting
Penambahan widget filterisasi hasil pencarian berdasarkan lokasi, harga, tipe iklan dll, sehingga user akan lebih mudah dalam mencari barang yang diinginkan.

Search Suggestion
Fitur yang memberikan saran keyword populer yang kemungkinan dimaksud oleh user saat menginput keyword di form search.

Keyword Suggestion
Saat hasil pencarian tidak ditemukan, keyword pencarian terkait akan diberikan kepada user.

Pop-Up Images
Menampilkan pop up mages yang lebih besar di list iklan saat mouse berada di thumbnail.

Widget
Peningkatan pada navigasi situs yang menampilkan iklan-iklan yang didapat dari hasil pencarian tanpa perlu kembali ke jendela sebelumnya.